http://www.bbc.co.uk/persian/iran/2009/08/090830_si_khamenei_universities.shtml
رهبر ایران روز یکشنبه در جمع شماری از استادان، اعضای هیات های علمی و رؤسای دانشگاه های ایران اظهار نظر می کرد.
آقای خامنه ای تحصیل حدود دو میلیون نفر از سه و نیم میلیون دانشجو در ایران در رشته های علوم انسانی را مایه نگرانی دانست "زیرا توانایی مراکز علمی و دانشگاه ها در زمینه کار بومی و تحقیقات اسلامی در علوم انسانی و همچنین تعداد اساتید مبرز و معتقد به جهان بینی اسلامی رشته های علوم انسانی در حد این تعداد دانشجو نیست."
رهبر جمهوری اسلامی از آموزش بسیاری از علوم انسانی در دانشگاه ها ابراز نارضایتی کرد و گفت: "بسیاری از علوم انسانی مبتنی بر فلسفه هایی است که مبانی آنها مادی گری و بی اعتقادی به تعالیم الهی و اسلامی است و آموزش این علوم موجب بی اعتقادی به تعالیم الهی و اسلامی می شود و آموزش این علوم انسانی در دانشگاه ها منجر به ترویج شکاکیت و تردید در مبانی دینی و اعتقادی خواهد شد."
آیت الله خامنه ای از مراکز تصمیم گیری از جمله دولت، مجلس و شورای عالی انقلاب فرهنگی خواست به این موضوع رسیدگی کنند.
رهبر ایران در این سخنان همچنین خواستار "تعبد و تدین بیشتر" دانشجویان و جوانان شد زیرا به گفته وی در این صورت "عمل، رفتار و فکر آنها از آسیب کمتری برخوردار خواهد بود و جامعه، بهره بیشتری از آنان خواهد برد."
آقای خامنه ای همچنین بار دیگر در اشاره به بحران پس از انتخابات که با اعتراض های گسترده نسبت به اعلام پیروزی محمود احمدی نژاد همراه بود، آن را "یک آزمون سیاسی تعیین کننده" توصیف کرد و گفت: "نظام جمهوری اسلامی به دلیل ظرفیت بالای خود توانست بر این مسائل فائق آید."
آیت الله خامنه ای هرچند بروز اعتراضات پس از انتخابات را ناشی از "آزادی های مختلف" در نظام اسلامی دانست اما در جای دیگری از سخنانش این بحران را به "جنگ" تشبیه کرد و خواستار همت استادان برای پیروزی در آن شد.
او گفت: "قطعا انتظاری که از اساتید دانشگاه ها در این جنگ و مبارزه نرم می رود فراتر از انتظاری است که از دانشجویان وجود دارد."
وی استادان را "فرماندهان جبهه جنگ نرم" خواند و گفت: "فرماندهان این جبهه باید با شناخت مسائل کلان، شناسایی دشمن و کشف اهداف او، طراحی کلان انجام دهند و براساس این طراحی حرکت کنند."
بعضی از مقام های بلند پایه جمهوری اسلامی در اظهار نظرهایی از احتمال اعتراضات تازه سیاسی همزمان با بازگشایی دانشگاه ها از اول مهر ماه ابراز نگرانی کرده اند. از جمله آیت الله خامنه ای دو روز پیش اظهار امیدواری کرده بود که "هدف آشکار و مشخص دشمن برای اینکه حداقل مدتی دانشگاه ها را به تعطیلی و تشنج و اختلال بکشاند" محقق نشود.
آیت الله خامنه ای در روز ۲۹ خرداد در نماز جمعه تهران، در پی چندین روز تلاطم بی سابقه در عمر ۳۰ ساله جمهوری اسلامی شیوه های مخالفان در اعتراضات عظیم خیابانی را غلط خواند. فردای آن روز نیروهای امنیتی از تجمع از پیش برنامه ریزی شده مخالفان در میدان انقلاب تهران جلوگیری کردند و در درگیری های پس از آن تعدادی از معترضان کشته شدند.
این برخوردها خشم بسیاری از مخالفان را برانگیخت که از جمله در شعارهای تند علیه آیت الله خامنه ای در اعتراضات بعدی تبلور یافت.
رهبر ایران در سخنان روز یکشنبه خود تاکید کرد که "در نظام اسلامی آزادی واقعی است" اما افزود "آزادی غیرواقعی و مورد نظر غرب را مطلقا قبول ندارد و در این خصوص هیچ رو در بایستی هم با غرب نخواهد داشت."
او که قبلا بر برخورد با "تخلفات و جنایات" صورت گرفته در حادثه کوی دانشگاه و بازداشتگاه کهریزک تاکید کرده است گفت: "همه افرادی که در این حوادث دچار آسیب شده اند بدانند نظام، تصمیم بر مجامله و گذشت ندارد و همانگونه که با افرادی که صریحا با نظام مقابله می کنند از موضع قانون و حق برخورد می کند، اگر کار بد و جنایتی انجام شده باشد، با عوامل این اقدامات نیز از موضع قانون و حق برخورد خواهد شد."